Iniciado el régimen de transición del Dr. Valentín Paniagua Curazao en noviembre del 2000, diversas fiscalías del Ministerio Público, principalmente las localizadas en los departamentos de Ayacucho, Huancavelica, Apurímac, Huánuco y Junín se vieron recargadas con numerosas denuncias por violaciones a los Derechos Humanos que ocurrieron en el conflicto armado interno, acaecido durante las décadas de 1980 y 2000. El 13 de agosto de 2003, con Resolución de la Fiscalía de la Nación Nº 1262-2003-MP-FN, fue constituido el Equipo Forense Especializado (EFE), con experimentados profesionales de las diferentes dependencias del Instituto de Medicina Legal y Ciencias Forenses. El equipo, fue integrado originalmente por seis especialistas: un médico legista, un antropólogo social, un arqueólogo forense, un antropólogo forense, un odontólogo forense y un fotógrafo.
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