Fiscalía Suprema de Control Interno
ORGANIGRAMA FUNCIONAL DE LA FISCALIA SUPREMA DE CONTROL INTERNO:
Secretaría del Despacho Supremo
Realiza y coordina la agenda de trabajo del Despacho y prepara los documentos administrativos que se le encomiende, conservándolos según su clasificación.
Secretaría de Atención al Usuario y
Trámite Administrativo
Realiza la calificación previa de los documentos y/o escritos de quejas y denuncias presentadas contra magistrados de primera instancia a nivel nacional, tramitación de documentos administrativos remitidos por las ODCI, atención al público usuario en relación a consultas sobre Denuncias y Quejas contra magistrados del Poder Judicial y el Ministerio Público y registro de resoluciones finales.
Comisiones 
Las Comisiones están a cargo de un Jefe, con el nivel de Fiscal Adjunto Supremo y/o Fiscal Superior, quienes se encargan de dirigir y supervisar la labor del personal Fiscal y administrativo a su cargo, actuando las diligencias que consideren necesarias. Cada comisión cumple además turnos mensuales de 24 horas, a fin de estar atentos a cualquier contingencia, que dentro del ámbito de las competencias pudiera requerir su presencia o intervención.
Control Operativo
Es la labor de intervención inmediata, opinada o inopinada, que se lleva a cabo a través de las visitas ordinarias o extraordinarias a las Fiscalías de todo el país; asimismo efectúa acciones de inteligencia de carácter preventivo y operativo de acción inmediata, a fin de erradicar la corrupción.
Área de Informática y Soporte Logístico
Área encargada de mantener actualizada la base de datos del Sistema SIAFCI con relación a quejas y denuncias contra magistrados del Ministerio Público y denuncias contra Jueces del Poder Judicial; llevando un registro actualizado de las causas que ingresan, tanto ante la Fiscalía Suprema de Control Interno como a los Órganos Desconcentrados, las sanciones impuestas, así como de las visitas realizadas a nivel nacional, el trámite y estado de las investigaciones.
Área Administrativa
Notificaciones y Archivo
Efectúa las notificaciones de las resoluciones de trámite y finales; informes por denuncia, ejecutando lo dispuesto en las resoluciones que recaigan en las causas, clasificando su archivamiento de acuerdo a su naturaleza.
Trámite Documentario
Tiene la función de concentrar la recepción de documentos internos y externos, registrándolo y derivándolo a las comisiones u otras áreas correspondientes.
Información y Difusión
Se encarga de informar a la opinión pública las actividades de la Fiscalía Suprema de Control Interno por intermedio de los medios de comunicación social, asimismo elabora notas de prensa, comunicados, encartes periodísticos, memoria anual en coordinación. Esta tarea actualmente se hace a través de la Gerencia de Comunicaciones Institucionales del Ministerio Público.
